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行業(yè)動向

更新時間:2017-10-19點擊次數(shù):2649

每當(dāng)John Hogenesch看到自己實驗員的臉上布滿陰云,他就知道細(xì)胞培養(yǎng)又出了岔子。這時他就會建議,“檢查下支原體污染吧”。

在細(xì)胞研究領(lǐng)域,支原體是臭名昭著的污染源,許多實驗室都深受其害。日前賓夕法尼亞大學(xué)的研究人員發(fā)現(xiàn),支原體污染比我們想象的更加普遍。

支原體感染能在不知不覺中干擾研究結(jié)果,浪費大量的資金投入。為此,Hogenesch和Anthony Olarerin-George進行了廣泛的樣本分析,他們發(fā)現(xiàn)目前有超過十分之一的基因表達(dá)研究(許多曾發(fā)表在*雜志上),表現(xiàn)出支原體污染的跡象。

Hogenesch實驗室去年就遇到過一次支原體污染,雖然問題很快得到解決,但仍然浪費了大約100,000美元和一年的研究。支原體一般來自于實驗室工作人員,它們很快就能生根,一次小小的疏忽就可能使整個實驗室的細(xì)胞受到污染。其他許多微生物污染會使培養(yǎng)基變得渾濁,可支原體污染*是*跡的,而且細(xì)胞培養(yǎng)中常用的抗生素都?xì)⒉凰乐гw。

支原體一直是個令人頭疼的問題。早期的HeLa細(xì)胞培養(yǎng)深受其害,HeLa細(xì)胞系建立于二十世紀(jì)五十年代,被廣泛用于各種領(lǐng)域的研究。1993年的研究顯示,美國FDA實驗室的兩萬個培養(yǎng)物中有15%受到了支原體的污染?,F(xiàn)在,供應(yīng)細(xì)胞和試劑的公司都會進行非常嚴(yán)格的支原體篩查。

為了全面了解支原體污染情況,Hogenesch和Olarerin-George獲得了九千多份樣本的RNA測序數(shù)據(jù),這些樣本來自于2012年-2013年間哺乳動物細(xì)胞的基因表達(dá)研究。他們在測序數(shù)據(jù)中尋找支原體DNA,結(jié)果發(fā)現(xiàn)11%的樣本都受到了支原體的污染。

Hogenesch指出,支原體DNA水平zui高的一些研究,曾發(fā)表在Cell、Nature和PNAS等*雜志上。雖然支原體污染并不一定意味著這些研究結(jié)果無效,但這種微生物會影響數(shù)百個基因的表達(dá),并與細(xì)胞競爭營養(yǎng)阻礙細(xì)胞的生長。在其中一組受污染的數(shù)據(jù)中(淋巴瘤細(xì)胞),Hogenesch和Olarerin-George鑒定了61個被支原體改變的基因。相關(guān)數(shù)據(jù)目前可以在bioRχiv上看到,Hogenesch等人很快就會將自己的發(fā)現(xiàn)提交給同行評議的雜志。

污染是“草率操作”的結(jié)果,德國菌種保藏中心的Hans Drexler說,“支原體并非憑空出現(xiàn),是被人帶到細(xì)胞培養(yǎng)物中的。” Drexler對這項研究的結(jié)果并不驚訝,他在2010-2013年間收到的人白血病細(xì)胞和淋巴瘤細(xì)胞中,受到支原體污染的比例也差不多是十分之一。不過這已經(jīng)算是有進步了,因為二十世紀(jì)九十年代的支原體污染率是四分之一。

Drexler認(rèn)為,支原體污染持續(xù)存在的根源在于,研究界的細(xì)胞系“黑市交易”,研究者們常常很隨意的共享細(xì)胞培養(yǎng)物。他估計這類細(xì)胞系中差不多有10%受到污染,而來自正規(guī)供應(yīng)商的細(xì)胞系則不存在支原體污染。為此,他呼吁研究者們多花點錢從信譽良好的地方獲取細(xì)胞系,并且對已有的細(xì)胞系進行支原體檢測。

“我們必須一直保持警惕,及時清除受到支原體感染的細(xì)胞,將其中的微生物一同摧毀。” Hogenesch說。

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