澳大利亞墨爾本大學(xué)微生物和免疫學(xué)系的Lachlan Coin和Sebastian Duchene團(tuán)隊(duì)及合作者，提供了新冠病毒的di一個(gè)直接RNA序列，詳細(xì)介紹了該冠狀病毒亞基因組長(zhǎng)度的mRNA結(jié)構(gòu)，并描述了從共享數(shù)據(jù)中揭示的冠狀病毒進(jìn)化遺傳學(xué)的各個(gè)方面。相關(guān)論文3月7日發(fā)布于預(yù)印本服務(wù)器bioRxiv（bioRxiv所有論文未經(jīng)同行評(píng)議）。

新冠病毒是一種冠狀病毒科陽(yáng)性單鏈RNA病毒，與能感染哺乳動(dòng)物和禽類(lèi)宿主的乙型冠狀病毒相關(guān)，例如MERS冠狀病毒和SARS冠狀病毒。

為了確定新冠病毒亞基因組長(zhǎng)度的mRNA的結(jié)構(gòu)，研究人員使用了一種近建立的基于高度平行納米孔陣列的直接RNA測(cè)序方法。簡(jiǎn)而言之，從具有高水平新冠病毒的培養(yǎng)材料中制備出核酸，并在GridION平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)序。

通過(guò)這種方法，新冠病毒樣本在40小時(shí)的測(cè)序中產(chǎn)生了680347個(gè)讀數(shù)，包含了860Mb的序列信息。與培養(yǎng)的新冠病毒分離株的基因組一致，部分讀數(shù)屬于冠狀病毒序列（28.9%），包括分布在29893個(gè)堿基基因組中的367Mb序列。其中一些的長(zhǎng)度超過(guò)2萬(wàn)個(gè)堿基，研究人員還捕獲了單個(gè)分子上的大部分基因組。

通過(guò)數(shù)據(jù)分析，研究人員確定了42個(gè)具有可預(yù)測(cè)的5-甲基胞嘧啶修飾的位點(diǎn)，這些位點(diǎn)在亞基因組長(zhǎng)度的mRNA之間呈現(xiàn)一致的位置。

在其他陽(yáng)性單鏈病毒中，RNA甲基化在感染過(guò)程中會(huì)發(fā)生動(dòng)態(tài)變化，影響宿主—病原體相互作用和病毒復(fù)制。一旦數(shù)據(jù)集可用于新冠病毒的直接RNA序列，研究人員可能會(huì)發(fā)現(xiàn)其他的修飾。人們目前對(duì)冠狀病毒的表觀轉(zhuǎn)錄組修飾知之甚少。

研究人員認(rèn)為，通過(guò)使用直接的RNA序列數(shù)據(jù)，有助對(duì)新冠病毒分子生物學(xué)的深入了解，并可能幫助構(gòu)建病毒亞基因組長(zhǎng)度mRNA結(jié)構(gòu)的詳細(xì)視圖